1、粪便污染
　　目前畜禽养殖产生了大量粪便，畜禽粪便中含有大量氮、磷和有机污染物等。由于以往畜禽养殖场（户）环境意识差，畜禽粪便随意堆放，并随雨水进入水系。因此，畜禽粪便成为继工业污染、生活污水垃圾污染之后的第三大污染源，是造成农村环境污染的主要原因。
　　2、水质污染
　　畜禽养殖场排出的污水，严重污染地下水。高浓度的污水排入河中，造成水质不断恶化。污水对周边农民的生产生活带来极大影响，有些已对集中饮用水源地构成严重威胁。
　　3、大气污染
　　畜禽粪便经过发酵后会产生大量的氨氮、硫化氢、粪臭素、甲烷等有害气体，这些气体不但会破坏生态，而且还会直接影响人类健康。在畜禽养殖过程中，由于对粪便处置不当，相当部分养殖场周围紧靠公路、村庄，设置的粪场散发出非常难闻的气味，严重影响了周边居民的生产生活，老百姓苦不堪言，过往行人怨声载道，养殖户自己也深受其害。
　　畜禽粪便是规模养殖场重要的污染源，畜禽粪便处理的好坏，不仅关系到养殖场所的卫生，更重要的是由于大量蚊蝇孳生，病原体的扩散，往往导致疫病发生率上升。因此，畜禽粪便的处理是畜禽健康养殖十分重要的一环。
　　解决粪便的污染：
　　（1）首先畜禽规模养殖场必须建有对畜禽粪便、废水和其他固体废弃物进行综合利用的化粪池沉淀池等设施，圈舍内设置有处理畜禽粪污、排污的通道和设施，为此成都鑫牧园鑫牧科技有限公司专门研发了一系列的处理粪便污染的设备，例如干湿分离机，发酵床工艺，翻耙机等。
　　（2）要对养殖规模较小的养殖场，要结合新农村建设、实行“三改”有效解决畜禽粪便的污染。对于无“三改”条件的养殖户应有与养殖规模相适应的粪便堆积处，以便对畜禽粪便进行堆积发酵，以杀灭粪便中的细菌、病毒、寄生虫卵及其他病原体，以保持良好的卫生环境。